MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Chlamydia trachomatis A/363 complete genome

Total Repeats: 23055

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020966	AGG	2	6	18	23	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478458544
2	NC_020966	GGAT	2	8	57	64	25 %	25 %	50 %	0 %	478458544
3	NC_020966	GAA	2	6	87	92	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478458544
4	NC_020966	GTTC	2	8	109	116	0 %	50 %	25 %	25 %	478458544
5	NC_020966	GTA	2	6	131	136	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478458544
6	NC_020966	AGT	2	6	162	167	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478458544
7	NC_020966	GA	3	6	206	211	50 %	0 %	50 %	0 %	478458544
8	NC_020966	GCGT	2	8	294	301	0 %	25 %	50 %	25 %	478458544
9	NC_020966	AAG	2	6	318	323	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478458544
10	NC_020966	CAA	2	6	332	337	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478458544
11	NC_020966	AGT	2	6	358	363	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478458544
12	NC_020966	GTG	2	6	374	379	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478458544
13	NC_020966	CAG	2	6	410	415	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478458544
14	NC_020966	AGTG	2	8	541	548	25 %	25 %	50 %	0 %	478458544
15	NC_020966	TGGC	2	8	575	582	0 %	25 %	50 %	25 %	478458544
16	NC_020966	GCC	2	6	598	603	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	478458544
17	NC_020966	TGC	2	6	657	662	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478458544
18	NC_020966	ATT	2	6	669	674	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478458544
19	NC_020966	CGA	2	6	691	696	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478458544
20	NC_020966	TC	3	6	819	824	0 %	50 %	0 %	50 %	478458544
21	NC_020966	TAT	2	6	833	838	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478458544
22	NC_020966	AG	3	6	841	846	50 %	0 %	50 %	0 %	478458544
23	NC_020966	GAA	2	6	880	885	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478458544
24	NC_020966	AGA	2	6	909	914	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478458544
25	NC_020966	AGA	2	6	963	968	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478458544
26	NC_020966	CAA	2	6	1036	1041	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478458544
27	NC_020966	AATG	2	8	1060	1067	50 %	25 %	25 %	0 %	478458544
28	NC_020966	TTG	2	6	1179	1184	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478458544
29	NC_020966	CTC	2	6	1208	1213	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478458544
30	NC_020966	GAT	2	6	1270	1275	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478458544
31	NC_020966	GAT	2	6	1324	1329	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478458544
32	NC_020966	GAAGGA	2	12	1354	1365	50 %	0 %	50 %	0 %	478458544
33	NC_020966	ATG	2	6	1387	1392	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478458544
34	NC_020966	CTAT	2	8	1394	1401	25 %	50 %	0 %	25 %	478458544
35	NC_020966	CCT	2	6	1546	1551	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478458544
36	NC_020966	CTT	2	6	1607	1612	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478458544
37	NC_020966	CAG	2	6	1672	1677	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478458544
38	NC_020966	TGA	2	6	1733	1738	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478458544
39	NC_020966	A	6	6	1797	1802	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_020966	AAG	2	6	1814	1819	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
41	NC_020966	TGG	2	6	1830	1835	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
42	NC_020966	CTT	2	6	1837	1842	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_020966	T	7	7	1841	1847	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_020966	A	6	6	1852	1857	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_020966	AAGG	2	8	1903	1910	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
46	NC_020966	ATG	2	6	1930	1935	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478458545
47	NC_020966	GTG	2	6	1936	1941	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478458545
48	NC_020966	TCC	2	6	1945	1950	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478458545
49	NC_020966	AGC	2	6	1959	1964	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478458545
50	NC_020966	T	6	6	1978	1983	0 %	100 %	0 %	0 %	478458545
51	NC_020966	AGC	2	6	1986	1991	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478458545
52	NC_020966	AAG	2	6	1997	2002	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478458545
53	NC_020966	TAC	2	6	2035	2040	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478458545
54	NC_020966	GCT	2	6	2045	2050	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478458545
55	NC_020966	AGTA	2	8	2083	2090	50 %	25 %	25 %	0 %	478458545
56	NC_020966	AAC	2	6	2143	2148	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478458545
57	NC_020966	AGA	2	6	2155	2160	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478458545
58	NC_020966	T	6	6	2233	2238	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_020966	TAA	2	6	2245	2250	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_020966	T	7	7	2255	2261	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_020966	TC	3	6	2264	2269	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
62	NC_020966	A	6	6	2327	2332	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_020966	AGA	2	6	2411	2416	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478458546
64	NC_020966	ATC	2	6	2418	2423	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478458546
65	NC_020966	TGC	2	6	2438	2443	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478458546
66	NC_020966	ATGA	2	8	2487	2494	50 %	25 %	25 %	0 %	478458546
67	NC_020966	GATA	2	8	2525	2532	50 %	25 %	25 %	0 %	478458546
68	NC_020966	CAT	2	6	2562	2567	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478458546
69	NC_020966	AGA	2	6	2591	2596	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478458546
70	NC_020966	AAG	2	6	2620	2625	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478458546
71	NC_020966	GGA	2	6	2655	2660	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478458546
72	NC_020966	AG	3	6	2747	2752	50 %	0 %	50 %	0 %	478458547
73	NC_020966	ATC	2	6	2784	2789	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478458547
74	NC_020966	TTTC	2	8	2822	2829	0 %	75 %	0 %	25 %	478458547
75	NC_020966	ATA	2	6	2934	2939	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478458547
76	NC_020966	AAC	2	6	2959	2964	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478458547
77	NC_020966	GGT	2	6	3013	3018	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478458547
78	NC_020966	AAT	2	6	3119	3124	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478458547
79	NC_020966	TTC	2	6	3154	3159	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478458547
80	NC_020966	GCA	2	6	3173	3178	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478458547
81	NC_020966	GGA	2	6	3221	3226	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478458547
82	NC_020966	CAG	2	6	3240	3245	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478458547
83	NC_020966	GTT	2	6	3257	3262	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478458547
84	NC_020966	GGT	2	6	3349	3354	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478458547
85	NC_020966	GA	3	6	3415	3420	50 %	0 %	50 %	0 %	478458547
86	NC_020966	T	6	6	3422	3427	0 %	100 %	0 %	0 %	478458547
87	NC_020966	AAG	2	6	3507	3512	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478458547
88	NC_020966	ATT	2	6	3569	3574	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478458547
89	NC_020966	TTG	2	6	3621	3626	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478458547
90	NC_020966	CATG	2	8	3703	3710	25 %	25 %	25 %	25 %	478458547
91	NC_020966	AAG	2	6	3732	3737	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478458547
92	NC_020966	AAG	2	6	3747	3752	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478458547
93	NC_020966	CAG	2	6	3789	3794	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478458547
94	NC_020966	GCT	2	6	3860	3865	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478458547
95	NC_020966	TGTGA	2	10	3875	3884	20 %	40 %	40 %	0 %	478458547
96	NC_020966	TTCC	2	8	4008	4015	0 %	50 %	0 %	50 %	478458547
97	NC_020966	AAG	2	6	4026	4031	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478458547
98	NC_020966	CAG	2	6	4076	4081	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478458547
99	NC_020966	GGA	2	6	4163	4168	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478458547
100	NC_020966	AAT	2	6	4173	4178	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478458547
101	NC_020966	TTGAA	2	10	4231	4240	40 %	40 %	20 %	0 %	478458548
102	NC_020966	ATT	2	6	4253	4258	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478458548
103	NC_020966	TGA	2	6	4283	4288	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478458548
104	NC_020966	TTTA	2	8	4406	4413	25 %	75 %	0 %	0 %	478458548
105	NC_020966	GTA	2	6	4515	4520	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478458548
106	NC_020966	GAGAA	2	10	4525	4534	60 %	0 %	40 %	0 %	478458548
107	NC_020966	AGA	2	6	4562	4567	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478458548
108	NC_020966	ATCC	2	8	4706	4713	25 %	25 %	0 %	50 %	478458548
109	NC_020966	GAA	2	6	4746	4751	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478458548
110	NC_020966	CGT	2	6	4878	4883	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478458548
111	NC_020966	A	7	7	4922	4928	100 %	0 %	0 %	0 %	478458548
112	NC_020966	GTT	2	6	4929	4934	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478458548
113	NC_020966	GAAAA	2	10	4962	4971	80 %	0 %	20 %	0 %	478458548
114	NC_020966	A	7	7	4968	4974	100 %	0 %	0 %	0 %	478458548
115	NC_020966	TGA	2	6	5066	5071	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478458548
116	NC_020966	TTACA	2	10	5117	5126	40 %	40 %	0 %	20 %	478458548
117	NC_020966	TTG	2	6	5161	5166	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478458548
118	NC_020966	TTC	2	6	5302	5307	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478458548
119	NC_020966	TCT	2	6	5394	5399	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478458548
120	NC_020966	AGA	2	6	5414	5419	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478458548
121	NC_020966	GTT	2	6	5441	5446	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478458548
122	NC_020966	GACG	2	8	5453	5460	25 %	0 %	50 %	25 %	478458548
123	NC_020966	GGT	2	6	5489	5494	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478458548
124	NC_020966	AAAGCT	2	12	5535	5546	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478458548
125	NC_020966	TTGG	2	8	5556	5563	0 %	50 %	50 %	0 %	478458548
126	NC_020966	CTC	2	6	5593	5598	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478458548
127	NC_020966	AGC	2	6	5624	5629	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478458548
128	NC_020966	GCA	2	6	5649	5654	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
129	NC_020966	A	6	6	5660	5665	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_020966	AGA	2	6	5676	5681	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
131	NC_020966	ATT	2	6	5743	5748	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478458549
132	NC_020966	TCT	2	6	5761	5766	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478458549
133	NC_020966	GCT	2	6	5807	5812	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478458549
134	NC_020966	GTCTT	2	10	5813	5822	0 %	60 %	20 %	20 %	478458549
135	NC_020966	GAT	2	6	5842	5847	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478458549
136	NC_020966	TC	3	6	5858	5863	0 %	50 %	0 %	50 %	478458549
137	NC_020966	GA	3	6	5869	5874	50 %	0 %	50 %	0 %	478458549
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269	NC_020966	TA	3	6	11842	11847	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
270	NC_020966	TCA	2	6	11872	11877	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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272	NC_020966	AG	3	6	11902	11907	50 %	0 %	50 %	0 %	478458555
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399	NC_020966	GA	3	6	18121	18126	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
400	NC_020966	GTT	2	6	18223	18228	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
401	NC_020966	GA	3	6	18365	18370	50 %	0 %	50 %	0 %	478458560
402	NC_020966	TTG	2	6	18401	18406	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478458560
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